Μια νέα Υπουργική Απόφαση (ΥΑ) που υπογράφηκε από το Υπουργείο Περιβάλλοντος και Ενέργειας (ΥΠΕΝ) στις 10 Μαΐου 2022 έρχεται να ενισχύσει ακόμα περισσότερο το καθεστώς προστασίας της Θαλάσσιας Προστατευόμενης Περιοχής (ΘΠΠ) της Γυάρου. Η νέα αυτή ΥΑ έρχεται μετά από 2,5 περίπου χρόνια από την αρχική ΥΑ (Ιούλιος 2019) με στόχο να καλύψει μια σειρά από κενά και ελλείψεις που δημιουργούσαν προβλήματα στην έμπρακτη προστασία και διαχείριση της περιοχής.
Συγκεκριμένα, οι δύο βασικές αλλαγές που φέρνει η νέα ΥΑ είναι ότι:
  1. επεκτείνει την προστασία της περιοχής για έναν επιπλέον χρόνο έως και τον Ιούλιο 2023, μέχρι να εκδοθεί το προβλεπόμενο και ήδη καθυστερημένο Προεδρικό Διάταγμα που θα κατοχυρώσει πλήρως και σε βάθος χρόνου την προστασία της περιοχής. Η έκδοση των Προεδρικών Διαταγμάτων τόσο για την προστατευόμενη περιοχή της Γυάρου, αλλά και για όλες τις προστατευόμενες περιοχές της χώρας έχει καθυστερήσει σημαντικά, παρά τις  δεσμεύσεις της Ελλάδας ότι η διαδικασία θα ολοκληρωθεί σύντομα, θέτοντας σε κίνδυνο την πλήρη και αποτελεσματική προστασία της βιοποικιλότητας της χώρας. 
  2. για πρώτη φορά επιτρέπει στην πράξη τη διενέργεια εποχιακής παράκτιας επαγγελματικής αλιείας μικρής κλίμακας για 5 μήνες το χρόνο (Ιούνιος-Οκτώβριος), δίνοντας έτσι τη δυνατότητα στην αλιευτική κοινότητα των Βόρειων Κυκλάδων, να αποκομίσει άμεσα οφέλη από την προστασία της περιοχής, υιοθετώντας βιώσιμες αλιευτικές πρακτικές. Σε κάθε περίπτωση, οι αλιείς για να αλιεύσουν στη ΘΠΠ της Γυάρου θα πρέπει να χρησιμοποιούν συγκεκριμένα εργαλεία και να τηρούν τους όρους που διέπουν τις επιμέρους ζώνες της ΘΠΠ, όπως προβλέπονται στην ΥΑ, ώστε να μην υπάρξουν αρνητικές επιπτώσεις στα θαλάσσια είδη και στους σημαντικούς θαλάσσιους οικότοπους (λειβάδια Ποσειδωνίας και τραγάνα) που έχουν καταγραφεί γύρω από το νησί, και κατ’ επέκταση στα ιχθυαποθέματα. Στο σημείο αυτό, θα πρέπει να τονιστεί πως η απαγόρευση της ερασιτεχνικής αλιείας, καθώς και της μέσης αλιείας (με γρι γρι ή/και τράτες) παραμένει ως έχει.
Με τις αλλαγές αυτές γίνεται ένα ακόμη σημαντικό βήμα προς την υλοποίηση της συμφωνίας που είχε προκύψει από όλους τους εμπλεκόμενους φορείς όταν κάθισαν γύρω από ένα τραπέζι για πρώτη φορά το 2016. Στόχος όλων των εμπλεκόμενων φορέων ήταν να δημιουργηθεί ένα κοινό όραμα για την περιοχή της Γυάρου, προκειμένου να καταστεί μια πρότυπη ΘΠΠ για τη χώρα μας που θα προστατεύει αποτελεσματικά τα σημαντικά είδη και οικοτόπους, δίνοντας παράλληλα ευκαιρίες στις τοπικές κοινωνίες των γειτονικών νησιών για ανάπτυξη ήπιων και βιώσιμων ανθρώπινων δραστηριοτήτων στη Γυάρο.
Η κύρια πρόκληση πλέον για όλους τους εμπλεκόμενους φορείς είναι πως θα εφαρμοστούν στην πράξη τα μέτρα που διέπουν την περιοχή και ειδικά αυτά που αφορούν στη ρύθμιση της αλιείας, ιδιαίτερα τη στιγμή που δεν υπάρχει πρόβλεψη έκδοσης ειδικών αδειών από τις αρμόδιες υπηρεσίες. Η απουσία αυτής της διάταξης από τη νέα ΥΑ εντείνει την υποχρέωση συστηματικής φύλαξης της ΘΠΠ, όπως και την ανάγκη για επιστημονική παρακολούθηση της κατάστασης και των τάσεων των πληθυσμών ψαριών εντός αυτής .
Σχετικά με τη νέα αυτή εξέλιξη, ο Υπεύθυνος των δράσεων του WWF Ελλάς στη Γυάρο, Δρ. Σπύρος Κοτομάτας, αναφέρει: «Όταν το 2016 ξεκίνησαν οι συζητήσεις με όλους τους εμπλεκόμενους φορείς, συμπεριλαμβανομένων και των ψαράδων, για το πώς θα πρέπει να λειτουργήσει η ΘΠΠ Γυάρου λίγοι πίστευαν ότι το κοινό μας όραμα θα γινόταν νομοθέτημα και κατόπιν πράξη. Παρόλα αυτά σήμερα, η πρόκληση είναι ακόμα πιο μεγάλη. Με τη νέα ΥΑ μια νέα περίοδος ξεκινά, αφού πλέον η ελεγχόμενη παράκτια αλιεία με συγκεκριμένους όρους θα είναι μέρος της καθημερινής διαχείρισης της περιοχής. Αν οι αλιείς σεβαστούν και τηρήσουν τους όρους που οι ίδιοι διαμόρφωσαν και συμφώνησαν και αν όλοι οι υπόλοιποι εμπλεκόμενοι με τη ΘΠΠ Γυάρου φορείς συνεχίσουμε να επενδύουμε και να συμβάλλουμε όλοι στην ορθή διαχείριση της, τότε τόσο το φυσικό περιβάλλον θα βγει κερδισμένο αλλά και οι τοπικές κοινωνίες θα δουν τα απτά οφέλη από τη προστασία της φύσης. Η ευθύνη ανήκει σε όλους μας, αλλά για να κερδηθεί το στοίχημα της ΘΠΠ Γυάρου οι φορείς της πολιτείας (ΥΠΕΝ, Οργανισμός Φυσικού Περιβάλλοντος κα Κλιματικής Αλλαγής, Λιμενικό Σώμα) που έχουν τις βασικές αρμοδιότητες στη διαχείριση και φύλαξη της πρέπει να παίξουν ουσιαστικά το ρόλο τους».